۲ میلیون و ۲۰۰هزار واحد از مسکن مهر دولتی در برنامه تعریف شده‌بود که فقط ۶۹۰هزار واحد از آن در ۶ سال آخر دولت قبل تحویل داده شد و بقیه به دولت بعد واگذار شد، یکی از کارشناسان می‌گوید که دولت نهم و دهم در ایجاد تعهد برای دولت‌های بعدی استعداد خاصی داشته‌اند. اما بر اساس قانون ۲۸۰۰ تک تک واحدها اعم از خودمالکی یا دولتی باید با نظارت کامل دولت انجام می‌شد در نتیجه مسئولیت امنیت مسکن‌مهرهای خودمالکی نیز بر دوش دولت و نظام مهندسی و شهرداری بوده‌است این درحالی‌ست که دولت قبلی پروژه‌های خودمالکی را به جای تحویل به تعاونی‌های انبوه‌سازان، تحویل تعاونی‌های تأمین داده‌است و آنها هم کار را به شرکت‌های خصولتی واگذار کردند.[۷۳] اما دولت کنونی از طرفی مسکن‌مهر را «اقتصاد برانداز» عنوان می‌کند بعد تمام گناه را به گردن دولت قبل می‌اندازد اما ۲۸ آبان معاون وزیر در دفاع از طرح اعلام می‌کند که فقط ۲ نفر کشته‌شده‌اند البته ایشان خودشان در دولت قبل در مسکن مهر مسئولیت داشته‌اند.[۷۳] با بالا گرفتن درگیری سیاسی دو حزب حاکم روزنامه‌های اصول‌گرا مانند کیهان نیز به نقل از «مدیر روابط عمومی اداره راه و شهرسازی» اظهار کرد که تعداد کشته‌های مسکن مهر فقط ۲ نفر است. ایسنا با جمع‌بندی این موارد سوال‌هایی را دربارهٔ تعداد دقیق کشته‌ها مطرح می‌کند: آیا مسئولیت مسکن مهر خودمالکی برعهده دولت نبوده؟ آیا مقصر فرو ریختن دیوارها مهندس ناظر نیست؟ چرا نسبت ماسه به سیمان آنقدر زیاد بوده که مانند کاه‌گل فرو می‌ریزد؟ آیا این ساختمان‌ها نیاز به بازسازی کلی دارد یا تعمیر؟ اگر بازسازی چرا کشور یک بار دیگر هزینه سودجویی پیمانکار را بدهد؟ و اینکه تعداد دقیق کشته‌ها با توجه به اظهارات ضدونقیض مسئولان دولت قبلی و فعلی چند نفر بوده‌است؟[۷۳]

اسحاق جهانگیری روز دوشنبه، ۲۲ آبان، اعلام کرد که «بیشتر خانه‌های تخریب شده در زلزله متعلق به ساختمان‌های مسکن مهر است». معاون استاندار کرمانشاه از کشته شدن ۲ نفر از ساکنان خانه‌های «مسکن مهر دولتی» و ۱۰۰ نفر از ساکنان خانه‌های «مسکن مهر خودمالک» سرپل ذهاب خبر داد. وی در تشریح عناوین «مسکن مهر دولتی» و «مسکن مهر خودمالک» گفت: «در مسکن مهر دولتی، زمین دولتی بود و سازه تحت نظر دولت ساخته شد و مسکن مهر خودمالکی نیز در این شهر وجود دارد که توسط مردم ساخته شده ولی تحت عنوان مسکن مهر وام گرفته‌است که در مجتمع‌های دولتی سازه بر اثر زلزله تخریب نشده‌است ولی در خودمالک‌ها چهار طبقه فروریخته‌اند.»[۷۵][۷۶] وحید حقانیان در سفر به مناطق زلزله‌زده این‌گونه بیان کرد که «۲۷ نفر از سازمان نظام مهندسی زنجان آمدند، دیدند و گفتند سازه‌ها مشکلی ندارد»[۷۷] و افزود که «خدا لعنت کند معاون اول رئیس‌جمهور، آقای جهانگیری را که اولین تخم لق سیاسی را گذاشت و در جلسه اقتصاد مقاومتی اعلام کرد» که خانه‌های مسکن مهر در زلزله تخریب شده‌است.[۷۸] حسن روحانی، سالم ماندن منازل مسکونی خودساخته از سوی مردم در سرپل ذهاب و فروریختن ساختمان‌های ساخت دولت در این منطقه که بیمارستان سرپل‌ذهاب نیز از آن جمله می‌باشد[۷۹] را نشانه «فساد» دانست. او در اینباره گفت: «اینکه خانه ساخته خود مردم در منطقه سرپل ذهاب سالم مانده و در مقابل یک ساختمان دولتی فرو ریخته، نشان‌دهنده وقوع فساد در این زمینه است.». او در ادامه افزود که «مشخص است که در بخش پیمانکاری ساخت‌وساز فساد وجود داشته‌است.» حسن قربانخانی، رئیس سازمان نظام مهندسی ایران، اعلام کرد که «سازمان نظام مهندسی هیچ نظارتی در ساخت واحدهای مسکن مهر نداشته و هیچ مهندس ناظری هم از سوی این سازمان برای واحدهای مسکن مهر معرفی نشده‌اند».[۸۰] رادیو زمانه با اشاره به تخریب شدن بیمارستان این منطقه و استفاده از عبارت «بورژوازی» نوشت که علی‌رغم اشکالات جدی طرح مسکن مهر، حملات دولت به آن در حقیقت حمله به ایده مسکن اجتماعی و گریز از مسئولیت دولت در قبال سامان دادن به مسکن در برابر سوداگری سودجویان و بساز و بفروش‌ها در این عرصه است.[۸۱]
امام جمعه شهرستان اسلام‌آباد غرب هم به شدت از کیفیت مسکن مهر انتقاد کردند و به سازندگان آن حملات شدید الحنی داشتن و آنها را خیانت کار دانست و اشاره کردند که ستون‌های مسکن مهر را به جای سیمان با آجرپاره